การตรวจสอบภายในของส่วนราชการ เริ่มมีขึ้นตั้งแต่ปี พ.ศ. 2505 ตามระเบียบการเบิกจ่ายเงินจากคลังของกระทรวงการคลัง ที่กำหนดให้หัวหน้าส่วนราชการและผู้ว่าราชการจังหวัด แต่งตั้งข้าราชการอย่างน้อย 1 คน เพื่อทำหน้าที่เป็นผู้ตรวจสอบภายใน  ต่อมาปี พ.ศ. 2519 การตรวจสอบภายในของส่วนราชการเริ่มมีความชัดเจนยิ่งขึ้น เมื่อคณะรัฐมนตรีมีมติเมื่อวันที่ 17 สิงหาคม พ.ศ. 2519 ให้ส่วนราชการที่เป็นกระทรวง ทบวง กรม และส่วนราชการที่เทียบเท่า รวมถึงจังหวัดทุกจังหวัด มีตำแหน่ง และอัตรากำลังเพื่อทำหน้าที่ผู้ตรวจสอบภายในของส่วนราชการโดยเฉพาะ โดยให้มีสายบังคับบัญชาขึ้นตรงต่อหัวหน้าส่วนราชการ หรือผู้ว่าราชการจังหวัดแล้วแต่กรณี และมอบหมายให้กระทรวงการคลังเป็นผู้รับผิดชอบส่งเสริมและสนับสนุนด้านวิชาการแก่ผู้ตรวจสอบภายใน เช่น การอบรม การออกระเบียบการตรวจสอบภายใน มาตรฐานการตรวจสอบภายใน คู่มือการปฏิบัติงานต่าง ๆ เพื่อให้ผู้ตรวจสอบภายในใช้เป็นแนวทางการปฏิบัติงาน

มหาวิทยาลัยราชภัฏราชนครินทร์ ได้รับการจัดตั้งเป็นมหาวิทยาลัยตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยราชภัฏ พ.ศ. 2547 แต่ยังไม่มีความชัดเจนเกี่ยวกับโครงสร้างของหน่วยตรวจสอบภายใน และในคราวประชุมสภามหาวิทยาลัยราชภัฏราชนครินทร์ ครั้งที่ 1/2550 เมื่อวันที่ 13 มกราคม พ.ศ. 2550  ได้มีมติที่ประชุม เรื่องการแบ่งส่วนราชการและการจัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัย โดยให้ทบทวนร่างประกาศ ว่าด้วยการจัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัย และปรากฏโครงสร้างการบริหารงานของหน่วยตรวจสอบภายใน จากนั้นได้มีมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย    ราชภัฏราชนครินทร์ ที่เกี่ยวข้องกับหน่วยตรวจสอบภายใน ดังนี้

            มติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยราชภัฏราชนครินทร์ ในการประชุมครั้งที่ 3/2550 เมื่อวันที่ 10 มีนาคม พ.ศ. 2550 เห็นชอบ (ร่าง) ประกาศเรื่องการแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัย โดยมีประกาศมหาวิทยาลัยราชภัฏราชนครินทร์ เรื่องการแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยราชภัฏราชนครินทร์ (เพิ่มเติม) พ.ศ. 2550 ให้เพิ่มเติม “งานตรวจสอบภายใน” เป็นส่วนราชการในมหาวิทยาลัย ประกาศ ณ วันที่ 30 พฤษภาคม พ.ศ. 2550

            มติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยราชภัฏราชนครินทร์ ในการประชุมครั้งที่ 7/2554 เมื่อวันที่ 22  พฤษภาคม พ.ศ. 2554 พิจารณากรอบอัตรากำลังพนักงานในสถาบันอุดมศึกษาสายสนับสนุน ประจำปีงบประมาณ 2554 – 2557  มติที่ประชุม เห็นชอบ (ร่าง) กรอบอัตรากำลังพนักงาน ในสถาบันอุดมศึกษาสายสนับสนุน โดยหน่วยตรวจสอบภายใน มีโครงการสร้างอัตรากำลัง จำนวน  4 อัตรา มีสายการบังคับบัญชาขึ้นตรงต่อหัวหน้าส่วนราชการ โครงสร้างการแบ่งส่วนราชการงานตรวจสอบภายใน ประกอบด้วย 2 งานหลัก คือ งานบริหารทั่วไป และงานตรวจสอบ ติดตามและประเมินผล แต่การดำเนินงานขณะนั้น ยังไม่มีบุคลากรตำแหน่งนักตรวจสอบภายใน มหาวิทยาลัยจึงมีประกาศแต่งตั้งผู้แทนจากคณะ ศูนย์ สำนัก ร่วมกันเป็นคณะกรรมการตรวจสอบภายในของมหาวิทยาลัย และทบทวนประกาศตามระยะเวลาที่เหมาะสม

            มติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย ในการประชุมครั้งที่ 7/2561 เมื่อวันที่ 18 สิงหาคม        พ.ศ. 2561 เห็นชอบกรอบอัตรากำลังบุคลากรสายวิชาการและสายสนับสนุน มหาวิทยาลัย         ราชภัฏราชนครินทร์ พ.ศ. 2561 – 2564 โดยให้ปรับลดกรอบอัตรากำลังของหน่วยตรวจสอบภายใน เหลือจำนวน 3 อัตรา

            ตามพระราชบัญญัติวินัยการเงินการคลังของรัฐ พ.ศ. 2561 มีผลบังคับใช้เมื่อวันที่ 20 เมษายน 2561 โดยมาตรา 79 บัญญัติให้หน่วยงานของรัฐจัดให้มีการตรวจสอบภายใน การควบคุมภายในและการบริหารจัดการความเสี่ยง โดยให้ถือปฏิบัติตามมาตรฐานและหลักเกณฑ์กระทรวงการคลังว่าด้วย มาตรฐานและหลักเกณฑ์ปฏิบัติการตรวจสอบภายในสำหรับหน่วยงานของรัฐ พ.ศ. 2561 (แก้ไขถึง ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2564)

            ปัจจุบันหน่วยตรวจสอบภายใน มีสำนักงานตั้งอยู่ที่ ชั้น 4 อาคารเรียนรวมและอำนวยการ มหาวิทยาลัยราชภัฏราชนครินทร์ เลขที่ 422 ถนนมรุพงษ์ ตำบลหน้าเมือง อำเภอเมืองฉะเชิงเทรา จังหวัดฉะเชิงเทรา โทรศัพท์ 038-500000 ต่อ 6080